东京近郊的山中，杂志记者池泽亮突然听见一座弃屋中传出电话铃声。在无数乱舞的萤火虫中，池泽亮拿起了电话听筒，一个女人的声音传来，要求他阻止附近的度假酒店开发工程。与此同时，开发工地突然出现大规模变形菌，工作人员也诡异失踪。

池泽亮邀请生物学家南方洋司同自己一起着手调查。他们很快发现，种种谜团都同当地流传的“萤女”传说密切相关。更恐怖的是，一场足以毁灭整个度假酒店的自然灾难正步步逼近……