1926年11月20日，住院在九州帝国大学精神病科的第七号病房楼的某一呆子青年，突然随着病房中的挂钟的“嘀嗒嘀嗒声”的节奏而恢复了意识。不过，他自己的姓名和经历一切都回想不起来。然而从邻近的病房中传来了一位少女的悲痛喊叫声“哥，哥哥——是我——我是哥哥的未婚妻，你想起来了吗？”据说有位住在九州帝国大学精神病院的患者——若林教授，为了让呆子青年回想自己的过去，把他带到狂人医院的标本室。在那儿，找到了二份资料，一份是《幻术》的狂人日记，另一份是在一个月以前自杀的正木博士的遗物资料。呆子青年拒绝阅读《幻术》，而开始读正木博士的遗物资料。它的第一编资料是《疯子地狱异端邪说祭文——一名犯人的黑暗时代》，这是由正木博士扮演唱的《奇妙楼的众多孩儿》歌，歌中隐含著揭露精神病员和精神病院的黑暗面。第二篇是《狂人大解放治疗室》以正木博士提出“人类都是疯子”观点，建议进行精神病研究治疗办法(这种思维在1975年奥斯卡获奖影片《飞越疯人院》很相似)。接著又提出“侦探小说绝不是用脑子想出来的”，“头脑不是来思考问题的，而是交换的介质(就象电信局的功能)人的全身每个细胞，才是思考问题的来源”。接下来又提出了“胎儿的梦”，胎儿在母亲胎内是从单细胞式微生物进化到人的形态。当形成人的形态时，都是直接从父母那儿得到的各种复杂的罪孽，遗传给自己而所做的恶梦……