前情提要： 帝丹高中二年级的工藤新一侦破了无数棘手案件，是被誉为[日本警察的救世主]的高中生名侦探。 某天，新一如女朋友毛利兰约会时，碰到全身黑衣黑帽的可疑男子，因好奇心的驱使而跟踪他们。 然后，新一目睹了不明组织恐吓人的情景，对方为了杀人灭口，就把一种新发明的毒药灌进他的嘴里……结果，他的身体竟然变小了……