吴晗是明史研究的著名专家，他于20世纪40年代著《明史》于昆明，原为四章，即收入本书的第一、四、五章，缺《军与兵》一章，这是本书稿首次以单行本的形式出版。这次出版增补了《朱元璋的统治术》、《明初的恐怖政治》、《明代的军兵》、《明代的新仕宦阶级》等力作，与前三章基本可构成一部完整的明史，大体可窥见明代历史全貌及其特点，是了解明代历史和朱元璋统治艺术的杰作。

本书论述的晚明史，起于万历元年(1573年)，迄于崇祯十七年(1644年)。今有汤纲、南炳文《明史》和牟复礼(Frederick W. Mote)、崔瑞德(Denis Twitchett)《剑桥中国明代史》，以及司徒琳(Lynn H. Struve)《南明史》和顾诚《南明史》。前两种《明史》是关于整个明代的历史，后两种《南明史》则是关于崇祯十七年以后南明小朝廷的历史，而晚明史的专著付诸阙如。因此，本书的出版具有创新性。 本书观察晚明史的一个别开生面的视角，在于晚明与世界的联系。16世纪下半叶至17世纪中叶的晚明时期，正处在新航路发现之后的“全球化”起步阶段。在这个阶段，中国在全球经济中占有重要的地位，除了邻近国家传统的朝贡贸易之外，遥远的欧洲国家如葡萄牙、西班牙、荷兰等国以及它们在亚洲与美洲的殖民地，都卷入了与中国的远程贸易，而且都毫无例外地处在贸易逆差之中，占世界产量三分之一甚至更多的白银源源不断地流入中国。另一方面，地理大发现后的“全球化”进程也表现在文化上，其主要标志就是以耶稣会为代表的教会向世界包括中国派出传教士，在传教布道的同时传播文艺复兴以来欧洲的科学与文化。晚明时期进入中国的耶稣会士，通过澳门这个中西交流的窗口，对中国的知识界产生了影响。 本书演绎晚明史的主要特色，在于充分表现了叙事史学的结构与魅力。晚明中国在经济、文化上融入世界之际，一个固步自封的王朝不仅不可能把握机遇，反而是加剧了自身内在矛盾，特别是朝廷上下都忙于政治派系之争，从万历到崇祯的几十年中几乎没有不争之时。书中以翔实的史料、细致的笔触，再现晚明王朝在内忧与外患的双重压力之下走向灭亡的全过程，并揭示其深刻的教训。作者广泛吸收学术界研究成果，在〖ＪＰ３〗关于晚明时期“倭寇”、“市镇”、“新政”、“党争”等一系列问题上提出了独到的见解。

世袭贵族在明代历史研究中基本上被忽略了，或仅仅是其他一些更令人关注的研究对象故事里的脚注。《藩屏》一改旧例，将明朝的贵族（包括被历史遗忘的宗室女性艺术家）作为主角，以王国的艺术生产为中心，讲述王国的历史与地理。这本独具一格的专著，有可能会修正人们对明代艺术的理解。

《晚明史籍考》二十四卷，系作者在北平图书馆工作时，受梁启超先生启发指导，发愿撰成。着録明代万历年间至清朝康熙年间文献一千一百四十余种，未见书目六百二十余种，蔚为大观。初版于1933年，线装十册，1964，经修订后，改名《增订晚明史籍考》，由中华书局上海编辑所出版，1981年上海古籍出版社重印。

在《明清之际党社运动考》中，作者认为，明末东林党争，复社、几社等集会结社的活动，与当时的社会、政治关系至为密切。作者从明清之间大量的正史、野史笔记中披沙拣金，取精用宏，勾结出从明万历至清康熙间士大夫党争与历史发展的相互关系的脉落。鲁迅先生曾高度评价这部著作，认为"钩索文籍，用力甚勤"。