羅塞之牆附近突然出現一群巨人。 包含104期學員的調查軍團正趕著要確定巨人出現的地點， 於是暫時在羅塞附近的厄特加爾城過夜。 不過，原本以為不會在夜間活動的巨人卻將整座城給包圍了…

4年2班是全校最和樂的班級！ 理花是一個內向的女孩，和好不容易交到的朋友分開，轉學到赤瀨國小。「希望在新學校能變成一個全新的自己！」儘管鼓足了幹勁，卻還是提不起勇氣的理花。然而第一個上前找她說話的人，竟是不管課業運動都擅長的全能美少女小愛。

幾名１０４期的士兵發現一群巨人從南方接近當中，他們研判應該是羅塞之牆已經遭到破壞，於是他們決定分成四小組去通知人員避難。而南小組當中的米克分隊長獨自去應付那群巨人，因而發現不曾見過，全身長滿毛髮的奇行種，對方不但有智慧還會開口說話…。

無人知曉『那個』究竟是從何而來，以及到底為了何種目的而存在。只是一再遭到捕食的人類，就只能躲在高牆內側求生存……在工房任職的主角．安海爾，負責開發守護調查高牆外側情況之調查兵團免遭『巨人』毒手的兵器。但沒人知道『巨人』的弱點是什麼，至今也尚未出現成功擊殺他們的英雄。跨越諸多屍骸的安海爾著手開發唯一能夠用來對抗巨人的《裝置》。然而保守派卻疾呼犯不著特地設法對抗『巨人』，導致高層作出了解散調查兵團的決定……難道人類就只能過著對『巨人』束手無策，成天提心吊膽的日常生活嗎！？大人氣漫畫『進擊的巨人』前傳終於以原創小說的形式粉墨登場！

調查軍團想藉由艾連的力量奪回瑪利亞之牆，於是組成一支部隊護送他前往。原本一路上都很平靜無波，但是突然出現的女巨人卻開始攻擊阿爾敏，當他摔下馬原以為這下死定了，沒想到對方竟然是確認了他的臉，之後就離開了。這舉動讓阿爾敏懷疑那個女巨人是跟艾連一樣由人類變成的。

當時艾連變成了巨人，人類才能夠首次成功擊退巨人，但是他的存在卻引起兩種極端的反應，為此還特地由總統召開一場審議會，來決定艾連今後的命運。儘管憲兵團認為應該儘快將艾連處理掉，不過相對的調查軍團卻想藉由艾連的力量奪回瑪利亞之牆。