與一方通行的對戰之後，讓美琴得知了與自己的複製人相關的殘酷事實，卻也讓自己成為學園都市其他等級5超能力者的目標。與學園都市排名第4的等級5超能力者麥野沉利的對陣，美琴是否有勝算？

美琴與「幻想御手」事件的幕後主使者木山春生面對面了，但木山卻以強大的多重超能力讓美琴無法招架，美琴究竟該如何制勝？ 本集另收錄黑子與初春在新人研修時期相識的前傳故事。

因「幻想御手」所引發的事件有越趨擴大的傾向。連初春的同學佐天淚子也成為「幻想御手」的被害者之一。在黑子與美琴等人的調查之下，逐漸抽絲剝繭發現其中的幕後黑手，但美琴卻在與真兇對陣時敗下陣來…？

在聽說了「這個城市裡有超電磁砲的複製人」的傳聞後，美琴雖然覺得只是八卦消息，還是決定去一探究竟調查真相。而在某天，美琴終於和自己的複製人「妹妹們」其中之一相遇，卻也揭開了隱藏的殘酷事實…！

有230萬人口，其中八成人口為學生的「學園都市」，是比其他地區科技更為先進，並從事「超能力開發」的特殊地區。而整座學園都市中僅有七人的等級5超能力者之一御坂美琴，由於她的能力與個性使然，因而被捲入了學園都市中所發生的種種事件……

羅馬正教的暗部「神之右席」最後一人，右方之火。他策劃的「計畫」終於啟動了。第三次世界大戰下的俄羅斯上空，飄浮著一座巨大要塞「伯利恆之星」。不僅是十字教信徒，被稱為全世界人類「救贖」的那座要塞，卻代表將會引起人類史上前所未有的大災難。右方之火稱之為「淨化」的謀略正在蠢蠢欲動，三名少年則懷抱著各自的信念繼續戰鬥。濱面仕上在瀧壺理后的治療結束後，為了防範克里姆林報告於未然而採取行動，但卻遇見了宿敵麥野沉利。一方通行好不容易擊退大天使米夏，終於發現了解救最後之作的「某種解法」。但那卻是種禁忌的做法。另一方面，上条當麻了阻止「伯利恆之星」計畫，同時也為了解放茵蒂克絲，決定獨自向右方之火挑戰……！