“SAO”事件已经过去了一年。 某一天，桐人接到了总务省“虚拟课”菊冈诚二郎的奇怪委托。 那是突然发生在充斥枪械与钢铁的VRMMO“Gun Gale Online”里的“死枪”事件。被拿着漆黑之枪的迷之角色所击中的玩家，在现实世界里也会随之“死亡”……无法拒绝的桐人答应帮助调查，虽然对于“虚拟世界”对“现实世界”发生物理影响这件事感到怀疑，但他还是登录了“GGO”。 桐人为了寻找关于“死枪”的线索而在不熟悉的游戏里徘徊，这是对他伸出援手的，是一名惯用大型步枪“黑卡蒂Ⅱ”的少女——诗乃。 全新故事即将展开！

為了拯救尚未從SAO裡歸還的亞絲娜，桐人登入到可疑的VRMMO「ALfheim Online」裡。 這款次世代飛行系遊戲「ALO」裡頭有著「魔法」概念，以及以玩家的反應力與判斷力來決定勝負的動作遊戲要素，再加上能變成「妖精」在天空裡翱翔的「飛行系統」和不下於「SAO」的高性能，所以讓許多玩家深深為之著迷。在遊戲裡成為「守衛精靈」的桐人，拚命朝著亞絲娜被幽禁的地點──同時也是所有玩家最終目標的「世界樹」前進……！ 在路途當中，桐人雖然因為「火之精靈」這個精靈種族的陰謀而陷入了九死一生的危機，但在得到「風之精靈」的少女‧莉法幫助以及導航妖精‧結衣的輔助之後，終於得以逃出生天。 而桐人最後終於來到了「世界樹」的根部。但就在這個時候，莉法和桐人知道了彼此的「秘密」……

为了拯救尚未从SAO里归还的亚丝娜，桐人登录到可疑的网络游戏VRMMO“ALfheim Online”里。 这款次世代飞行系游戏“ALO”里有着“魔法”概念，以及根据玩家的反应力与判断力来决定胜负的动作游戏要素，再加上能变成“妖精”在天空翱翔的“飞行系统”和不下于“SAO”的高性能，所以让许多玩家深深为之着迷。在游戏当中成为“守卫精灵”的桐人，拼命朝着亚丝娜被幽禁的所在地——同时也是所有玩家最终目标的“世界树”前进…… 在路途当中，桐人虽然因为“火之精灵”这个精灵种族的阴谋而陷入了九死一生的危机，但在得到“风之精灵”的少女莉法帮助以及导航妖精结衣的辅助之后，终于得以逃出生天。 而桐人最后终于来到“世界树”的根部。但就在这个时候，莉法和桐人无意间知道了彼此的“秘密”……

桐人从禁忌的死亡战斗MMO“Sword Art Online刀剑神域”回到现实世界后，立刻前去寻找游戏时的伙伴，同时也是心仪对象的亚丝娜。 但是结城明日奈（亚丝娜）却还没从那个噩梦般的游戏里归还。 桐人也因此而陷入困惑与绝望当中。他唯一的线索是亚丝娜以“妖精”模样伫立在鸟笼里的奇异影像档。亚丝娜似乎是被困在一款高性能的VRMMO游戏“ALfheim Online”里面。 为了解救亚丝娜，桐人一头闯入这个有着无数妖精飞翔交错的“ALO”世界……!! 在网络上获得超人气的“妖精之舞”篇，正式展开!!

桐人和尤吉欧成为了“北圣托利亚帝立修剑学院”的“初等练士”，各自在前辈索尔狄丽娜与格尔戈罗索的指导下学习，过着以人界最强的秩序执行者“整合骑士”为目标的每一天。 为了进入统治央都的“公理教会”中枢，两人决心排除万难，成为学院仅有十二名的“上级修剑士”之一！ 发生在虚拟世界的宏大故事，即将开始！

《圈内事件》——《SAO》的中层地区发生了惨案，一名玩家被杀害。然而，遇害现场确实HP绝对不会减少的“安全圈内”。就算假设这是一起PK事件，依然找不出凶手杀人的方法……于是桐人与亚丝娜开始追查这宗悬案。 《圣剑》——《ALO》里传说的圣剑，取得这把剑的任务终于开启。因守护圣剑的怪物实在太过棘手，桐人曾经一度放弃任务。趁着这次机会，他再度加入了争夺者的行列。只不过，这次的任务背后其实有某个非常壮大的活动…… 《起始之日》——《SAO》正式上线的第一天。在茅场晶彦宣布死亡游戏正式开始后，桐人为了在游戏里活下去，定下了第一个目标。那就是先完成在封测时期曾有过攻略经验的任务，取得比初期装备更为强力的剑——