在一次意外中，还在孩童时代的美空与她的同伴于一次火灾中，无意间在小庙堂里带走一件宝贝，避免它被火烧掉。而被拯救的却是一位神仙爷爷，为了答谢美空他们，神仙爷爷许诺，当他们满十三岁后，每人都会得到一种特别的能力。十三岁生日终于来临，美空渐渐发现一份异于常人的能力真的降临在她身上，而她的5位朋友以及一只猫，也相继在他们十三岁时获得了自己的特殊能力。他们获得了怎样的能力，这些能力给他们带来了什么，他们又要如何运用这些能力？

故事讲述一个自幼丧母的少年小冈，为了要寻找失散多年的父亲，及成为一个和父亲一样出色的“猎人”，踏上了崎岖而漫长的旅程，接受重重测试，途中遇上各色各样的同伴和敌人，各自为了不同的目的而展开一场又一场的战斗…… 在《全职猎人HUNTER》的世界里猎人是个很受人尊敬的职业，亦引得无数人来参加猎人的测试，小冈在众考生中脱颍而出通过了猎人种种艰难的测试，终于如愿以偿成为一名猎人，但这样就结束了吗？不，真正的试炼才刚刚开始，想知道以后吗？让我们和GON一起来到猎人的世界吧！

只要殺害最好的朋友，就能夠得到「力量」……佐助依照哥哥鼬所說的話，全力的攻擊「最好的朋友」——鳴人！鳴人的螺旋丸對上佐助的千鳥！這場前所未見的激戰最後會由誰獲勝？

殺せんせー暗殺を確実なものとするため、防衛省はE組に新しい教師を派遣した。彼は烏間に代わり生徒の訓練担当になるが、常軌を逸した教育方針で!?

E組にやってくる2人目の転校生。1人目の律を圧倒的に上回るとされる、その驚くべき暗殺能力とは!? 殺せんせー誕生の謎も徐々に明らかに!!