就在阿爾馮斯與馬可醫生等人對抗普萊德的同時，潛入中央司令部的阿姆斯壯少將與弟弟也正在對抗斯洛烏斯。另一方面，潛入中央地下的愛德華等人，則是在路上碰到恩維。就在這時候，馬斯坦古上校也趕到。馬斯坦古上校在得知恩維就是殺害好友休斯的仇人之後，便以憤怒的火焰對恩維展開猛攻！

為了迎接「約定的日子」，不只是愛德華兄弟，連馬斯坦古上校等人都開始動起來了！就在這時候，在古拉曼中將的策劃下，大總統與傑利姆失蹤了。大家本來以為這是個好機會，沒想到父親大人居然親自坐鎮中央，而且阿爾馮斯還被人造人普萊德控制…

愛德與阿爾在北方失散之後便分開行動。阿爾在馬可醫生、斯卡的協助之下，成功的打倒人造人之一的恩維，並且與自己的爸爸─霍恩海姆重逢。另一方面，愛德也遇到因故奪回身體控制權的麟。就在這時候，阿爾從霍恩海姆口中，愛德則是從麟口中得知一個關鍵字，這個字就是「約定的日子」…

差一點就要查出真相了，但卻面臨到敵人無情的襲擊…在第五研究所爆炸後，阿爾就一直沉默不語，難道阿爾的人格、記憶都是他哥哥愛德華用人工的方式製造出來的？面對這心中的疑惑，兄弟兩彼此產生了心結…

在「傷痕男」斯卡破壞了愛德華的機械鎧手和阿爾馮斯的軀體後，他們踏上了家鄉─利塞布爾來修復機械鎧。此時，一場無名火把國家中央圖書館給燒光了。有關“賢者之石”的資料，全都在那裡。兄弟兩又要重新踏上尋找的旅程……

愛德華與阿爾馮斯兩兄弟為了讓死去的母親復活而使用鍊金術，但是鍊金失敗使愛德華失去了左腳，讓阿爾馮斯失去了肉體。於是愛德用自己的右手作為鍊金的代價，讓阿爾馮斯的魂成功的附在盔甲上，為了取回一切，他們踏上了尋找“賢者之石”的旅程！