霍恩海姆留下來的話，讓愛德心中出現了一個疑問。殘忍的現實阻擋在想要知道真實的愛德面前。真理雖然是殘酷的，但也是正確的。但是當愛德超越這個障礙時，就找到了一個答案……

愛德與阿爾終於成功的抓到斯卡，但是為了解讀斯卡的哥哥留下來的鍊金術研究書，他們決定先暫時不將斯卡移交給軍方，而是與斯卡、馬可、小梅及溫莉一起躲藏在布里克斯要塞。這時候，阿爾的身體開始出現了一些變化。還留在真理之門另一側的身體，開始吸引他的靈魂…

人造人入侵布里克斯要塞！要塞的指揮官─阿姆斯壯少將成功的擊退敵人，後來在與愛德、阿爾探討真相的過程中，終於得知人造人的真正目的，而且還發現亞美斯多利斯這個國家，可能是人造人為了達成目的而刻意建立的國家，而且下一個被人造人染指的地方就是布里克斯。就在阿姆斯壯少將打算想辦法處理時，雷文中將由中央來到布里克斯…

普通の女子高生・桜小路桜はある夜、青い炎で悪人を燃やす謎の少年を目撃する！　しかし翌朝、現場となった公園には何の痕跡も残っていなかった。自分の見たものが現実だったのか思い悩む桜、その前に昨夜の少年が転校生として現れた！彼は何者なのか？そして青い炎は何だったのか？　謎を解くため桜は少年に近づいていく！！

在上次捕捉「女巨人」的任務失敗之後，調查軍團私底下擬定一項計畫，打算在返回王都通過席拿之牆‧史托黑司區的時候，利用艾連將潛伏在憲兵團裡的女巨人引出來。由阿爾敏主動找上人在憲兵團的亞妮幫忙，請她協助艾連逃走。