完成了第一次任务，小Q一行人原以为能够恢复平静的校园生活了，没想到接下来碰到的居然是辛苦的侦探修行；团校长亲自解决过的案件成了第一道习题；之后又和雪平等人组成的A班成员进行“推理竞争”！ 　　 如果这次竞赛输了的话，小Q他们就不能继续留在Q CLASS了！现在就要测试他们五个人没有成为侦探的价值了！

小提琴家弓削臣收到一封恐吓信，经笔迹专家鉴定该信出自雅臣弟子宝生美鹤之手，但她早在半年前已自杀……为了解开这一谜团，全体Q班成员前往雅臣的别墅——幻奏馆，参加雅臣的梦幻小提琴TESTA·DI·DORAGO的转让仪式，可是令人意想不到的是，被暴风雨笼罩的幻奏馆里却响起了《魔鬼的颤音》……

很快，第一次踏进侦探学园的五位成员就得到第一个任务：解开深山的两个村落所发生的难以理解的失踪奇案——“凭空消失”之谜。小Q、小惠、金太、数马、天草来到村子，听到有关定期等奇怪传信。这时候，“凭空消失”又发生了……

即将解开神隐村秘密的小Q一行人还是碰上了第三件“凭空消失”的杀人事件…… 而最有嫌疑的疫神教教祖却有着完美的不在场证明。“凭空消失”怎么变成可能的呢？ 小Q的精湛推理即将揭开这个村落罪恶与谎言的谜底。

小Q一行人发现幻奏馆杀人事件的真相，从而揭开的凶手，“冥界艺术大师”的真面目……但是，犯罪组织“冥王星”的陷阱也同时在启动。为了渡过危机而顽强奋斗的特别班的成员们，之次又产生了新的友情！而天草流“无法回避的命运”又将是……

為了學會滑雪，我跟美雪兩個人同滑雪社的眾人來到了津野滑雪場；卻因為提起一件事情所有的人神經都緊繃起來，就在當晚，負責調整與保養用具的白峰受到神秘人物攻擊，兇器是──滑雪板！？佐木二號心目中的女神竟然是紗綾，而此刻美術社的老師又遭到人攻擊，一切的證據都指向紗綾，金田一會如何解開這個謎題？這難道是真的