完成了第一次任務後，小Q一行人原以為能夠恢復平靜的校園生活了，沒想到接下來碰到的居然是辛苦的偵探修行。團校長親自解決過的過去案件成為了第一次的習題！還要和雪平等頭腦靈光的人所組成的A班成員進行「推理競賽」！如果都沒辦法通果的話，就不能繼續留在Q　CLASS！現在就要測試他們五個人有沒有成為偵探的價值了！

找回記憶的碎片，小流獨自前往『棲龍館飯店』。但是與天草家淵源深厚的人，都被圍繞在跟「龍」有關的故事之下而遭到殺害。而在現場的小流也被當成嫌犯！對於小流與命運孤獨的奮戰當中，小Ｑ他們難道都無計可施嗎？特別班，現在是你們展現友情跟信念的時刻！

為了解開DDS所承接的密室殺人事件的委託，小Q獨自深入電影節的活動。在那裡，他遇到A CLASS的雪平，於是雙方打算藉此將之前的推理競賽分個勝負！可是，在進行搜查的過程中，有個若隱若現的邪惡「身影」。在幕後操縱這起殺人事件的犯罪組織「冥王星」，也打算在此設計陷害DDS…！

賽柏拉斯被催眠術所封住，在超嚴密的戒護下，監禁在特別拘留所！在這個不可能逃獄且又進退兩難的情況下，賽柏拉斯依然進行他大膽的突破作戰！等著他的是偵探學園所佈下的特別拘留所這個陷阱以及七海光太郎！超乎想像的頭腦戰＆心理戰，究竟誰會勝出呢……？

運用完全密室的心理盲點的手法是…？號稱是團先生心腹（不過人很怪）的骷髏頭博士所提出完美無缺的不在場證明之謎又是…？隱藏在小Q所拍到的〝靈異照片〞當中，令人意想不到的企圖是…？特別班事件加以抽絲剝繭！偵探學園的「重新編班的測驗即將到來」…！

小Ｑ、小流、小惠、金太以及數馬終於當是Ｑ　ＣＬＡＳＳ的一員，而他們接下的第一份工作是神隱村發生的──「憑空消失」事件；在經過團先生稍微的試驗下，一行人於是前往案發的現場希望能尋出事實的真象。在到神隱村前，他們必須先經過葫蘆村，沒想到殺人案件竟開始展開。小Ｑ跟小流他們能順利解開層層謎團抓出兇手？憑空消失又是──！？