在戰略自衛隊攻擊NERV本部時，真嗣因為內心的傷痛而無法行動，而且就在本部遭到戰略自衛隊包圍，真嗣面臨生死存亡的千鈞一髮之際，真嗣的父親源堂挺身而出解救了真嗣。而在這時候得知了源堂心中的想法，其想法到底是……

西元2000年發生了一場被稱為第二次衝擊的前所未有的大浩劫，南極落下一顆大質量的隕石，造成海平面上升、天災四起、經濟崩壞、民族紛爭、內戰……地球上的人口由五十餘億銳減為二十餘億﹔西元2015年在全球復興之際，人類漸漸從毀滅中站起來但新的危機又來了！來路不明的「使徒」，一種巨大的戰鬥兵器群大舉來襲，為了對抗他們，人類開發了「汎用人形決戰兵器EVANGELION」。西元2015年，初號機開發完成，在此也選出3位少男少女做為「EVANGELION」的駕駛員，人類未來的希望就落在這三個人的身上，故事也就從此刻開始…由於版權移轉，台灣角川將重新發行本作的中文版第1-6集。

明日香驾驶的二号机和真嗣驾驶的初号机拼死对抗Seele和EVA系列。就在这时，此前飞出外太空的“朗基努斯之枪”正从月球高速返回地球，并停在了真嗣的初号机胸前，形成了伟大的“生命之树”形态。另一方面，碇源堂因为体内的“亚当”苏醒，一心想与拥有“莉莉丝”意识的零融合，完成自己成为“神”的夙愿，但却遭到零的拒绝。最终，零走向“莉莉丝”的躯体，并完成融合，使完全形态的“莉莉丝”最终苏醒。“莉莉丝”与“生命之树”相互吸引，人类即将迎来第三次冲击。

新的使徒来袭，真嗣和明日香奉命出击，却因为默契太差而被打得落花流水。为此，美里提出了一套作战方式，要求两人必须住在同一所房子里，从而培养出绝佳的默契。通过培训，真嗣看到了明日香的另一面，也改变了对她的看法！

面对冷漠的父子态度，美里提出要与真嗣同住的要求，并且对真嗣作战的成绩表示赞赏，但真嗣希望这话是出自另一人之口……在没有受过特殊训练的情况下，真嗣与EVA 达成同步并和使徒作战。因为真嗣不熟悉操作，也无实战经验，在遭到使徒的攻击后，为保护同学，冒险作出了一个决定……

因为使徒的攻击，反而让零明白到自己对于真嗣的那份真心。为了阻止使徒袭击初号机，零选择与座机一起自爆！赤木律子被送到SEELE接受审讯，却发现自己不过是代替零去接受审问，内心大受打击，决定背叛碇源堂！