西元2000年發生了一場被稱為第二次衝擊的前所未有的大浩劫，南極落下一顆大質量的隕石，造成海平面上升、天災四起、經濟崩壞、民族紛爭、內戰……地球上的人口由五十餘億銳減為二十餘億﹔西元2015年在全球復興之際，人類漸漸從毀滅中站起來但新的危機又來了！來路不明的「使徒」，一種巨大的戰鬥兵器群大舉來襲，為了對抗他們，人類開發了「汎用人形決戰兵器EVANGELION」。西元2015年，初號機開發完成，在此也選出3位少男少女做為「EVANGELION」的駕駛員，人類未來的希望就落在這三個人的身上，故事也就從此刻開始…由於版權移轉，台灣角川將重新發行本作的中文版第1-6集。

西元2000年發生了一場被稱為第二次衝擊的前所未有的大浩劫，南極落下一顆大質量的隕石，造成海平面上升、天災四起、經濟崩壞、民族紛爭、內戰……地球上的人口由五十餘億銳減為二十餘億﹔西元2015年在全球復興之際，人類漸漸從毀滅中站起來但新的危機又來了！來路不明的「使徒」，一種巨大的戰鬥兵器群大舉來襲，為了對抗他們，人類開發了「汎用人形決戰兵器EVANGELION」。西元2015年，初號機開發完成，在此也選出3位少男少女做為「EVANGELION」的駕駛員，人類未來的希望就落在這三個人的身上，故事也就從此刻開始…由於版權移轉，台灣角川將重新發行本作的中文版第1-6集。

雖然在替代系統的幫助下順利地打倒了使徒，但由於對父親枉顧人命的做法相當不滿，因此真嗣斷然決定不再搭乘初號機，正當他要離開第三新東京市時，新的使徒出現了。在它強大的威力之下，二號機及零號機都失去了戰鬥能力，而聽到加持告白後的真嗣為了不讓自己懊悔，於是決定再次坐上初號機與使徒戰鬥。

親手殺死了第五適任者，亦即最後的使徒「渚薰」的真嗣， 精神上受到了相當嚴重的打擊。而原以為成功剿滅了所有使徒， 人類的和平即將來臨時，沒想到SEELE竟入侵了NERV的超級電腦MAGI， 同時派遣戰略自衛隊及量產型EVA系列，企圖攻占NERV總部。 在真嗣退縮不已，EVA初號機行動又受限的狀況下， 明日香只好獨自駕駛著EVA貳號機，與九架強悍的EVA系列對峙……!! 面對這令人無法喘息的危機，明日香與真嗣等人的命運將會如何？

继冬二事件后，心灰意冷的真嗣决定离开NERV，加持却在此时用自己的经历教育真嗣、并使他重新振作起来。而在与使徒的新一轮战斗中，初号机却在紧要关头停止活动，众人正在绝望之际，初号机突然启动，还开始吸收使徒！最后，完全暴走的初号机，甚至吸收了真嗣！

★漫畫單行本累積銷量突破2,000萬冊。 ★動畫電影創下45億圓的票房紀錄。 ★周邊商品總銷售金額高達1,500億日圓以上。 ★相關樂曲多次奪下日本最有公信力的ORICON排行榜前三名。 ★曾獲得第18屆日本SF大賞。 時時掛念著母親的真嗣， 卻怎麼也想不起母親當年說的一句話…… 與夜妖融合的零， 以超乎想像的形態出現在眾人面前…… 碇氏夫婦的真正想法究竟為何？ 第三次衝擊的真相又是……？ 問世將近二十年的《EVA》漫畫版， 在此隆重完結!!