霍恩海姆留下來的話，讓愛德心中出現了一個疑問。殘忍的現實阻擋在想要知道真實的愛德面前。真理雖然是殘酷的，但也是正確的。但是當愛德超越這個障礙時，就找到了一個答案……

愛德與阿爾終於成功的抓到斯卡，但是為了解讀斯卡的哥哥留下來的鍊金術研究書，他們決定先暫時不將斯卡移交給軍方，而是與斯卡、馬可、小梅及溫莉一起躲藏在布里克斯要塞。這時候，阿爾的身體開始出現了一些變化。還留在真理之門另一側的身體，開始吸引他的靈魂…

人造人入侵布里克斯要塞！要塞的指揮官─阿姆斯壯少將成功的擊退敵人，後來在與愛德、阿爾探討真相的過程中，終於得知人造人的真正目的，而且還發現亞美斯多利斯這個國家，可能是人造人為了達成目的而刻意建立的國家，而且下一個被人造人染指的地方就是布里克斯。就在阿姆斯壯少將打算想辦法處理時，雷文中將由中央來到布里克斯…

在御影牧場的暑假… 比在城鎮裡時的任何夏天都更充滿了迷惘、工作與汗水…之後八軒回到熟悉的宿舍。 身邊的夥伴們一如往常地歡笑著。 夏天，還尚未結束…

在都市長大的八軒勇吾雖然會困惑猶疑，但也漸漸融入在蝦夷高農每一天的生活。季節來到了生命展現光輝的夏天。又好吃…又好臭…今年的夏天並非只是炎熱而已…

愛德、阿爾、霍恩海姆、伊茲米、張梅等人開始與父親大人展開決戰。雖然五人奮力阻止父親大人達成計畫，但實力實在是相差太大，最後還是讓父親大人成功的利用日蝕讓自己得到「神」的力量。但因為霍恩海姆事先做了準備的關係，讓父親大人的計畫沒有完全成功，而正在與布拉德雷交手的斯卡也在打倒敵人之後伸出援手，人類開始對人造人展開反擊！