愛德華在國家中找到了「綴命之鍊金術師」本來以為可以借用他來完成自已的願望。沒想那位鍊金術師竟然是個喪心病狂的傢伙，為了保住國家鍊金術師的位子，不惜犧牲了自已的太太和女兒……

阿姆斯壯少將被帶到中央去質問雷文中將失蹤的事情，少將便將計就計的加入幕後黑手集團，想藉此查出更多的事情。另一方面，人造人的父親在睡夢中夢到以前的事情。那就是霍恩海姆以前在克塞魯克塞斯當奴隸時的事情。而最早的人造人就是在那裡誕生，而且還跟克塞魯克塞斯滅亡有關…

(完結篇)愛德、阿爾在眾人的協助之下與「父親大人」展開最後的決戰！雖然「父親大人」展現驚人的力量，讓眾人的攻擊完全傷害不了他，但是大家還是不輕言放棄，繼續展開猛烈的攻勢，終於讓「父親大人」再也壓抑不住體內那個「名為神的東西」。瀕臨崩潰的他，為了再得到更多的賢者之石，而把魔手伸向因為受傷而動彈不得的愛德。為了解救這個愛德的危機，阿爾做出驚人的決定！

人造人們所謂的「約定的日子」即將來臨，但是他們還缺少一位祭品。這時候，他們看上實力堅強的馬斯坦古。本來是想藉由傷害霍克愛來逼迫他進行人體鍊成，但是意志堅定的馬斯坦古卻不願意這麼做。已經沒有時間的人造人只好使出最後的方法，來強迫馬斯坦古打開真理之門…

就在阿爾馮斯與馬可醫生等人對抗普萊德的同時，潛入中央司令部的阿姆斯壯少將與弟弟也正在對抗斯洛烏斯。另一方面，潛入中央地下的愛德華等人，則是在路上碰到恩維。就在這時候，馬斯坦古上校也趕到。馬斯坦古上校在得知恩維就是殺害好友休斯的仇人之後，便以憤怒的火焰對恩維展開猛攻！