愛德、阿爾與姚麟遇到了製造出人造人的「父親大人」。但是在戰鬥中，姚麟居然被「父親大人」用賢者之石變成了新的人造人─古利德！另一方面，馬斯坦古上校得知軍方高層有問題之後，決定先暫時等待機會來臨。同時，斯卡在潛入人造人的根據地時，意外的遇到製造出賢者之石的提姆‧馬可…

霍恩海姆留下來的話，讓愛德心中出現了一個疑問。殘忍的現實阻擋在想要知道真實的愛德面前。真理雖然是殘酷的，但也是正確的。但是當愛德超越這個障礙時，就找到了一個答案……

愛德與阿爾終於成功的抓到斯卡，但是為了解讀斯卡的哥哥留下來的鍊金術研究書，他們決定先暫時不將斯卡移交給軍方，而是與斯卡、馬可、小梅及溫莉一起躲藏在布里克斯要塞。這時候，阿爾的身體開始出現了一些變化。還留在真理之門另一側的身體，開始吸引他的靈魂…

人造人入侵布里克斯要塞！要塞的指揮官─阿姆斯壯少將成功的擊退敵人，後來在與愛德、阿爾探討真相的過程中，終於得知人造人的真正目的，而且還發現亞美斯多利斯這個國家，可能是人造人為了達成目的而刻意建立的國家，而且下一個被人造人染指的地方就是布里克斯。就在阿姆斯壯少將打算想辦法處理時，雷文中將由中央來到布里克斯…

愛德、阿爾、霍恩海姆、伊茲米、張梅等人開始與父親大人展開決戰。雖然五人奮力阻止父親大人達成計畫，但實力實在是相差太大，最後還是讓父親大人成功的利用日蝕讓自己得到「神」的力量。但因為霍恩海姆事先做了準備的關係，讓父親大人的計畫沒有完全成功，而正在與布拉德雷交手的斯卡也在打倒敵人之後伸出援手，人類開始對人造人展開反擊！

爱德华与阿尔冯斯两兄弟尝试用炼金术复活在他们幼年时就去世的母亲。 但是很不幸，炼成失败了，爱德华失去了左腿与弟弟阿尔冯斯。 尽管他以失去右手为代价炼成了阿尔冯斯的灵魂，并把它放置到铠甲里，但他们却付出了惨痛的代价。 而他们两兄弟也发誓，要让一切复原……