數馬所就讀的小學發生嫌犯從密室消失的事件？金太與小Q讓嫌犯牢不可破的不在場證明不攻自破！以小惠為首的美少女偵探三人組，在電車上與嫌犯進行近距離接觸！這世上事件不斷發生，特別班真是一刻不得閒！靠著有條不紊的推理加上精彩的團隊合作，去解開各式各樣的謎題吧！

在網路上流傳著關於女學生失蹤的奇怪殺人錄影帶傳聞。為了確認它的真偽，團偵探學園長任命小流跟小惠潛入升學名校澀澤學院進行搜查。但是殺人魔「收集者」所拍攝的新錄影帶的犧牲者卻是…！真正的天才‧天草流將挑戰精巧的不在證明圈套…！

完成了第一次任務後，小Q一行人原以為能夠恢復平靜的校園生活了，沒想到接下來碰到的居然是辛苦的偵探修行。團校長親自解決過的過去案件成為了第一次的習題！還要和雪平等頭腦靈光的人所組成的A班成員進行「推理競賽」！如果都沒辦法通果的話，就不能繼續留在Q　CLASS！現在就要測試他們五個人有沒有成為偵探的價值了！

找回記憶的碎片，小流獨自前往『棲龍館飯店』。但是與天草家淵源深厚的人，都被圍繞在跟「龍」有關的故事之下而遭到殺害。而在現場的小流也被當成嫌犯！對於小流與命運孤獨的奮戰當中，小Ｑ他們難道都無計可施嗎？特別班，現在是你們展現友情跟信念的時刻！

為了解開DDS所承接的密室殺人事件的委託，小Q獨自深入電影節的活動。在那裡，他遇到A CLASS的雪平，於是雙方打算藉此將之前的推理競賽分個勝負！可是，在進行搜查的過程中，有個若隱若現的邪惡「身影」。在幕後操縱這起殺人事件的犯罪組織「冥王星」，也打算在此設計陷害DDS…！

賽柏拉斯被催眠術所封住，在超嚴密的戒護下，監禁在特別拘留所！在這個不可能逃獄且又進退兩難的情況下，賽柏拉斯依然進行他大膽的突破作戰！等著他的是偵探學園所佈下的特別拘留所這個陷阱以及七海光太郎！超乎想像的頭腦戰＆心理戰，究竟誰會勝出呢……？