为了抑制自卫队介入内政，及牵制自治警察内部欲自己升格为国家警察的企图，政府因此产生了活动范围仅限于以东京车站为中心、方圆一百公里以内、拥有独立权限及强大战斗力、直属国家安全委员会的实战部队——首都圈治安警察机构，俗称首都警。由于首都警迅速的机动力以及强大的打击力，使他们在东京这个舞台上独占了治安守护神的荣誉，名声亦超越其他纪律部队。 本来他们正面的敌人应该是武装强盗与暴力团体，但是现在却要转去对付日益抬头的反政府势力，特别是一个俗称“党派”的武装集团。由于“党派”与首都警的核心部队“特别机动队”、俗称Kerberos，经常发生激烈的街头战，“特别机动队”亦时常伤及无辜，因而受到了社会舆论的强烈谴责。 由严肃的正义守护者的赞词，变成了权利的走狗的诅咒；由于社会亦渐渐倾向稳定，“特别机动队”——这个曾让犯人闻风丧胆的名字，也准备结束他们的使命。 但曾立过不少汗马功劳、出生入死的一众队员，是否会接纳这个解散的命运？

在南北戰爭因英法的介入，而造成美國分裂成兩個國家的一百年後的北越上空，主角醐堂後備中尉一面思索著這場戰爭的意義，一面朝地面的目標進行轟炸。就在某一天，他的忍耐到了極限，然後他決定開著他的愛機去做某件空前絕後的大事……電影界的鬼才導演押井守花了六年寫出的新形式軍事小說，將呈現給各位讀者一段不一樣的歷史！

2002年的冬天，橫濱灣岸大橋突然遭到不明飛彈的攻擊，東京陷入一片恐慌之中。此事令警察和自衛隊產生衝突，雙方的關係日趨惡化。政府更派出了自衛隊以確保東京的安全。為免東京被恐怖份子捲入戰爭的情況下，特車二課第2小隊終於出動…