大神零以『不存在的人物』自居，用藍色火焰鏟奸除惡，另一方面觀察無法用藍色火焰燒死的櫻小路櫻。野口自稱是大神以前的朋友，其實他是連續縱火魔，大神制裁了他，但是病倒了。班導師神田突然現身，她到底是何許人也？

身份成謎的高中生大神零自稱自己是「不存在的使者」，，用藍色火焰將壞人活活燒死。他發現無法把同班同學櫻小路櫻燒死，決定暫時讓她活著，加以觀察。大神用藍色火焰把以麻藥折磨別人的流氓們給燒死。他雖然對櫻突如其來的擁抱感到困惑，仍把在幕後替流氓撐腰的警察官僚和警官給燒死，完成委託事項…

日本の内閣総理大臣にして刻の父、藤原総理の乗った車が突如、爆破された！　偶然、その場に居合わせた大神と桜の前に現れた爆破の犯人は元コード：ブレイカー最強の男・人見！　総理の命を巡り新旧コード：ブレイカーの壮絶な戦いが始まる！

神田から、何者かに命を狙われていると告げられた桜。大神と刻は「コード：ブレイカー」として桜の命を護るという任務を受け桜小路家へ向かう。深夜、突然襲いかかって来たのは異様な技を持つ刺客たち！　しかし大神と刻は激闘のさなか異能に異変をきたし意外な姿をさらす！！　絶対的不利のなか桜の命運は‥‥！？

Ｇ━ファルコンの背後にいた黒幕のヤクザたちを燃え散らし、さら桜が止めるのも聞かずに、突入して来た警察官たちをも燃え散らして行く大神！！　大神はただの殺人鬼だったのかとショックを受ける桜だったが、大神の口から語られたのは驚くべき“真の悪”の存在だった！！

普通の女子高生・桜小路桜はある夜、青い炎で悪人を燃やす謎の少年を目撃する！　しかし翌朝、現場となった公園には何の痕跡も残っていなかった。自分の見たものが現実だったのか思い悩む桜、その前に昨夜の少年が転校生として現れた！彼は何者なのか？そして青い炎は何だったのか？　謎を解くため桜は少年に近づいていく！！