《毛佩琦细解明十七帝疑案》是《百家讲坛》栏目宣讲的《明十七帝疑案》的上半部分，重点介绍了明朝前半期的一些历史疑案，涉及从太祖到宪宗大约120年的历史。另外下半部的书稿正在整理当中，随后将相继出版。

《永乐大帝：朱棣》(明清皇帝大传系列)中毛佩琦教授以他多年的研究成果展示了一个客观全面的永乐大帝，并披露了很多悬而未解的历史疑案。朱棣到底是残忍嗜杀的暴君还是功勋卓著的明君？永乐大帝朱棣是个颇有争议的皇帝。他功勋卓著：他组织编修了内容浩繁规模宏大的《永乐大典》，开创了世界文化史上百科全书编纂的先河；他建造了当时世界文化史上最强大的海军，七下西洋，使海上丝绸之路达于鼎盛；他五次亲征漠北，维护祖国统一，病死征途…… 但是永乐大帝又以残暴闻名：凶杀成性，冷酷无情，特别是他残杀建文遗臣时极尽酷刑之所能，也是历史上无人能及的。他命人将铁铉的耳朵和鼻子割下来煮熟，然后塞入铁铉口中；他为著名学士方孝孺定了史上从未有的“杀十族”的酷刑，为了凑足所谓“十族”，把方孝孺的学生和朋友都诛杀了……