嵌合蟻的威脅愈來愈擴大！牠們為了自封為王，開始侵襲世界各地。自稱「女王」的嵌合蟻在流星街築巢，幻影旅團前往討伐。另一方面，小傑為了救回凱特，潛入東果陀...？

故事讲述一个自幼丧母的少年小冈，为了要寻找失散多年的父亲，及成为一个和父亲一样出色的“猎人”，踏上了崎岖而漫长的旅程，接受重重测试，途中遇上各色各样的同伴和敌人，各自为了不同的目的而展开一场又一场的战斗…… 在《全职猎人HUNTER》的世界里猎人是个很受人尊敬的职业，亦引得无数人来参加猎人的测试，小冈在众考生中脱颍而出通过了猎人种种艰难的测试，终于如愿以偿成为一名猎人，但这样就结束了吗？不，真正的试炼才刚刚开始，想知道以后吗？让我们和GON一起来到猎人的世界吧！

拿酷戮被尤匹追得無路可退，在奇犽的「落雷」之下死裡逃生！為了實行計策，拿酷戮再度挑戰。另一方面，小傑等待彼多醫治小麥，此時有人現身…!?