小新每次回家都不先喊「我回來了」，所以媽媽常使出絶招對付他。某天賞櫻花時，因找不到空位而和妮妮的家人擠在一小塊區域，頑皮的小新這下子又惹出麻煩，讓妮妮心目中溫柔的媽媽和爸爸變了模樣。每天上學都會遲到的小新，讓媽媽頭痛到幾乎每天都得騎腳踏車送他上學，某天小新難得坐上幼稚園車，結果又忘了帶最重要的便當。

做夢在喝果汁的小新又偷尿床了，為了凐沒證據，小新假借小白之名偷偷挖了個大洞要把東西埋起來；沒想到，卻因為突然的大地震，小新跟爸爸媽媽就這樣掉進戰國時代裡頭。為了回到自己的時代以及幫忙解救出雪乃公主，他們踏上打倒雲黑齋的冒險旅程……。可是，時光隧道竟將大家送回平成年間，所有的人也被變成「大便」了；然後──

好久好久以前，有一個三寸大的小男孩名叫小新，他雖然只有三寸那麼高，可是他會用味增湯來洗澡，用吃飯的筷子踩高蹺……；這天，城裡在幫妮妮公主徵求隨從，為了金幣跟珍珠，小新踏上危險的旅程。路上他遇到也要前去應徵的風見，以及看到要綁架妮妮公主的鬼，然後──

超迷電視連續劇的小新，這回迷上了主婦劇場－為愛走天涯，旅情篇；苦情的男女主角在好不容易能相聚後，女主角卻只剩下三個月的生命。剛好，小新看到媽媽喝蕃茄汁嗆到的畫面，就跟電視裡頭一模一樣，……媽媽也只剩下三個月的生命了；媽媽要去醫院更讓小新確定自己的想法，沒想到，媽媽只是──

常學爸爸的口氣對媽媽說話的小新，免不了被媽媽揍一頓，某天小新的媽媽教他擦屁股的方法，結果遭殃的是廁所的馬桶……愛到書店看寫真集的小新，遇到精神的店長和女店員時，仍然搞得大家人仰馬翻。動感幼稚園所舉辦的馬拉松大賽終於到來了，小新為了這次的比賽可說是加緊練習，但到比賽當天，小新居然脫隊，和大家往相反的方向跑……

調皮又好色的小新總是不斷地惹麻煩，媽媽不在家時便把家裡搞得亂七八糟；去百貨公司時又愛搭訕漂亮的大姐姐；去海邊游泳時又為了搏取大姐姐的好感，而把媽媽的泳衣給脫了下來，害媽媽醜態百出；在幼稚園的向日癸班上課時，連外表長得像壞人的園長也逃不了小新的魔掌。