《火影忍者66》主要讲述了，从小身上封印着邪恶的九尾妖狐，无父无母的鸣人受尽了村里人的冷落，但是他却不知道原因，只是拼命用各种恶作剧试图吸引大家的注意，人们却反而更加远离他。好在还有伊鲁卡老师关心他，鸣人的性格才没有变得扭曲。他总是干劲十足，嘻嘻哈哈，超级乐观。为了让更多的人认可自己，鸣人的目标是——成为火影！

就在鳴人等人的戰鬥愈演愈烈的情況下，佐助一行人來到了木葉忍者村。爲了知道真相，佐助叫大蛇丸用穢土轉生術使曆代火影們複活！！初代火影，柱間口中的村子，還有忍著的曆史是什麽…！？