第二部为秦始皇篇故事是从秦嬴政与燕太子姬丹的情仇说起,再逐渐铺展出他夺得天下的经过。

2002年，《神兵玄奇2》问世—— 　　「神兵玄奇」成为玉皇朝销量最高的漫画之一，但黄玉郎还未满足。他为求刺激销量，巧立名目地推出以描写南宫问天成为武林盟主后的全新一辑故事的「神兵玄奇-贰」，企图将销量再次推上高峰。 一百年前肆虐江湖的大魔头「玄天邪帝」重现人世，令中原武林掀起无尽的腥风血雨。正道武林盟主「南宫问天」乃「女娲女神」铸炼的天下第一神兵「天晶」的继承人，为了公义及私仇，挺身与「玄天邪帝」对抗！正邪不雨立，代表「善神」的正义之「十神兵」及代表「天魔」之邪恶的「十魔兵」各遇其主，展开跨越神、魔、人三界的灿烂激斗，战情玄奇莫测，扣人心弦