対話不能の異生物・ガウナに太陽系を破壊された人類の一部は、巨大なる播種船・シドニアで繁殖しながらレム恒星系を目指し、宇宙を旅する。 シドニアの最下層で育った少年・谷風長道（たにかぜ　ながて）は、衛人（モリト）操縦士訓練学校に入学。さまざまな少年兵たちとの関係に翻弄され、地上で初めて出会った少女・星白閑（ほしじろ　しずか）と急速に親密さを増してゆく。 艦長の推挙により、歴史的名機である一七式衛人・継衛（ツグモリ）に搭乗し、ガウナと戦う！ ガウナの脅威に対し防戦一方だったシドニア。だが、ついに艦長は積極攻勢によ るガウナ殲滅を決意する。その決断を後押ししたのは、衛人操縦士として英雄視 されるまでになった長道の成長ぶりだった。一方で、次々と明らかになる科学者 落合の異常な研究の数々。戦いは今、新たなる局面へ突入する！！

対話不能の異生物・ガウナに太陽系を破壊された人類の一部は、巨大なる播種船・シドニアで繁殖しながらレム恒星系を目指し、宇宙を旅する。 シドニアの最下層で育った少年・谷風長道（たにかぜ　ながて）は、衛人（モリト）操縦士訓練学校に入学。さまざまな少年兵たちとの関係に翻弄され、地上で初めて出会った少女・星白閑（ほしじろ　しずか）と急速に親密さを増してゆく。 艦長の推挙により、歴史的名機である一七式衛人・継衛（ツグモリ）に搭乗し、ガウナと戦う！ 衛人を象ったガウナがシドニアに襲いかかる。そのコックピットには人の姿をしたエナ（胞衣）がいた。ガウナの目的は何なのか？　なぜ、シドニアを襲うのか？ ガウナに唯一効果的な兵器・カビザシはなぜ、二十八本しか備蓄していなかったのか？ シドニアの過去に何があったのか？　謎が次々と解き明かされるとともに、長道の運命が激しく動き出す！

歴史的名機を与えられた少年は、ついに一線を超える! 主人公・長道はついに英雄 となる!! すべてが見せ場! 英雄誕生の瞬間を見よ! 重力祭りの夜、シドニア最強の四人の戦士が飛び立った。だが、対話不能の異生物・ 奇居子(ガウナ)に唯一効果的な兵器・カビザシを遺失した戦士たちになす術はなか った。 奇居子との接触を回避するため、艦長の判断により、緊急加速を行ったシドニアは重 力制御を失い艦内に大量の犠牲者を出す。 カビザシ回収の為に出撃した長道の勇士に艦内すべての人々は歓声を上げた!