在上次捕捉「女巨人」的任務失敗之後，調查軍團私底下擬定一項計畫，打算在返回王都通過席拿之牆‧史托黑司區的時候，利用艾連將潛伏在憲兵團裡的女巨人引出來。由阿爾敏主動找上人在憲兵團的亞妮幫忙，請她協助艾連逃走。

無人知曉『那個』究竟是從何而來，以及到底為了何種目的而存在。只是一再遭到捕食的人類，就只能躲在高牆內側求生存……在工房任職的主角．安海爾，負責開發守護調查高牆外側情況之調查兵團免遭『巨人』毒手的兵器。但沒人知道『巨人』的弱點是什麼，至今也尚未出現成功擊殺他們的英雄。跨越諸多屍骸的安海爾著手開發唯一能夠用來對抗巨人的《裝置》。然而保守派卻疾呼犯不著特地設法對抗『巨人』，導致高層作出了解散調查兵團的決定……難道人類就只能過著對『巨人』束手無策，成天提心吊膽的日常生活嗎！？大人氣漫畫『進擊的巨人』前傳終於以原創小說的形式粉墨登場！

調查軍團想藉由艾連的力量奪回瑪利亞之牆，於是組成一支部隊護送他前往。原本一路上都很平靜無波，但是突然出現的女巨人卻開始攻擊阿爾敏，當他摔下馬原以為這下死定了，沒想到對方竟然是確認了他的臉，之後就離開了。這舉動讓阿爾敏懷疑那個女巨人是跟艾連一樣由人類變成的。

當時艾連變成了巨人，人類才能夠首次成功擊退巨人，但是他的存在卻引起兩種極端的反應，為此還特地由總統召開一場審議會，來決定艾連今後的命運。儘管憲兵團認為應該儘快將艾連處理掉，不過相對的調查軍團卻想藉由艾連的力量奪回瑪利亞之牆。

為了封住被巨人所破壞的城牆，人類決定讓巨人化的艾連拿著岩石將破洞封住，還派出精銳小組陪他一塊執行任務，但是艾連來到中途卻失去理智，在阿爾敏鍥而不捨的呼喚之下，終於才讓他再次醒過來繼續完成任務，人類才得以首次打敗巨人贏得勝利。

原本應該是被巨人吞下肚的艾連，如今自己卻成了巨人還攻擊同類，最後體力不支而倒地。後來被米卡莎所救回，但是卻遭到駐紮軍團的質疑並且將他們包圍起來。艾連他們要如何度過這個危機，人類又會想出什麼方法來對付巨人呢？