「僕の邪魔をするやつはみんな…摘まなきゃ」人間を捨て、「アオギリの樹」への協力を***した、元〔CCG〕解剖医・嘉納。そして、四方に攫われた、リゼ。理解不能の現実の連鎖に、我を失ったカネキは“半赫者"へと姿を変える。暴虐の限りを尽くすカネキを前に、善戦する篠原特等捜査官と〔CCG〕は、ついに「SS級配置」を取る。“喰種"×〔CCG〕、頂上決戦の行方は…!?

11区での抗争から半年──。「アオギリの樹」討伐の功績が認められ、続々と昇任する捜査官たち。上等捜査官となった亜門鋼太朗は、長らく不在だった相方として、かつての上司・真戸呉緒の娘・暁を迎える。一方、「あんていく」を離れたカネキは、リゼの足跡を辿り、過去を紐解いてゆくために、月山、万丈らと共に、新天地「6区」へ。交わらない2つの線が導く“ある焦点"とは──!?

“カネキくんには もう会えないと思ったほうがいい"芳村から衝撃の発言を受けてカネキ救出のために“11区"へ向かうことを決意した「あんていく」の面々。一方、激化する「アオギリの樹」と〔CCG〕の抗争を余所に、ヤモリに拘束されたカネキ。そこに、この世のものとは思えない残酷な仕打ちが待ち構えていた──!

“組織化された喰種たちが、〔CCG〕を潰そうとしている──!"不穏な動きを見せる「11区」。そこは、リゼが元いた場所だった。おぞましい計画を万丈から告げられたカネキの下に、リゼを追ってきた「11区」の刺客が現れる。「アオギリの樹」を名乗る喰種集団の真の目的とは──!?