Hordes of akuma are arriving in Edo to join the Earl, who has found a nefarious use for one of the greatest of all Biblical artefacts. Meanwhile, one akuma has invaded the Asian Branch of the Dark Order to take care of Allen once and for all. Allen doesn't appear to stand a chance, but the very nature of the akuma's attack starts something no one could have anticipated, and might wind up changing the fate of the world!

因為科穆伊室長所製造的病毒，使得科學班成員接連地變成了殭屍，並且開始襲擊亞連等人。為阻止感染源的擴散而開始進行抗體的製作，但柯洛利卻在這時覺醒，出現了不可思議少女的靈魂！事件的真相究竟是怎麼一回事？

在教團本部展開瘋狂殺戮的等級４，目標指向了科穆伊…在這窮途末路之時利娜莉自己將INNOCENCE注入體內而得到了新的力量！再加上不斷持續激戰的亞連，教團方面終於開始反擊！

藉由亞連的協助，神田與阿爾瑪成功逃往沒有人追得到的地方。阿爾瑪的生命終於走到盡頭，而第三使徒則經由諾亞之手…。另一方面，因為「第14號」的覺醒，亞連被視為危險的存在，遭到教團的幽禁。此時前往探訪他的人是…!?