拯救宵風。 禁術「氣羅」無情的吞噬宵風的生命力， 讓他命在旦夕。 在他死去之前，為了實現「以森羅萬象抹煞自己的存在」的願望， 壬晴決定脫離萬天之里， 與過去的敵人灰狼眾聯手， 以取得所有的禁術書。 雪見、宵風、雷光、壬晴， 他們四個人的目標， 正是在隱世之中消失已久的五大勢力之一——甲賀。

森羅萬象是誕生於忍者的世界——人稱隱世的恐怖秘術。擁有秘術的六壬晴決定與帷和虹一共同踏入隱世，周旋於各大忍者勢力之中的他為了保護秘術、保護自己，被迫背負成為「隱王」的宿命。保護壬晴的帷老師敗在風魔小太郎的手上，深切體認到自己的無力。 另一方面，伊賀的灰狼眾趁著帷老師不在的時候擄走壬晴，原來這是宵風背著灰狼眾的首領所做出的行動。宵風將壬晴帶到隱密的棲身之處，兩人達成一項協議，壬晴必須以森羅萬象抹煞宵風的存在，否則宵風就殺了壬晴的朋友。與死神訂下契約的壬晴平安回到家中，這時戶隱之里的首領織田八重出現在帷老師的面前，她以自古流傳的飯綱心眼，綁架了萬天忍者的內心世界…

六壬晴是一個對周遭的人事物都漠不關心的中學生，可是他的體內卻隱藏著忍者的世界（也就是隱世）最強的秘術「森羅萬象」。為了奪取這種無與倫比的力量，源自伊賀忍者的「灰狼眾」全體出動，誓言要將壬晴帶回伊賀之里。 另一方面，壬晴的英語教師雲平‧帷‧杜蘭達與壬晴的同學虹一都是萬天之里的忍者，他們的任務就是保護壬晴的安全。一場「森羅萬象」的爭奪戰將各方忍者捲入其中，壬晴若想恢復獨善其身的生活，唯一的辦法就是成為隱王！於是他被迫走進隱世，迎向未知的挑戰！