六条壬晴是一個對周遭的人事物都漠不關心的中學生，可是他的體內卻隱藏著忍者的世界（也就是隱世）最強的秘術「森羅萬象」。為了奪取這種無與倫比的力量，源自伊賀忍者的「灰狼眾」全體出動，誓言要將壬晴帶回伊賀之里。 另一方面，壬晴的英語教師雲平‧帷‧杜蘭達與壬晴的同學虹一都是萬天之里的忍者，他們的任務就是保護壬晴的安全。一場「森羅萬象」的爭奪戰將各方忍者捲入其中，壬晴若想恢復獨善其身的生活，唯一的辦法就是成為隱王！於是他被迫走進隱世，迎向未知的挑戰！

秘術啟動，少年成為隱王。 失落，卻不知失去了什麼。 喪失的痛苦、空虛的心靈、 聽不見的聲音、絕望與恐懼。 變化並不只是出現在壬晴的身上， 所有的隱世之人都受到影響， 尤其是雪見和彥。 他失去了一條手臂， 以及更重要、卻不知名的東西。 秘術不應該啟動。 為了消滅超越人智的秘術，隱世的忍者再度齊聚萬天。 無法保護壬晴的帷，決定投注全副心力，開發抽離秘術的「是空」。

「空」—— 雪見終於找到了這個名字， 發現了宵風令人不忍卒睹的過去。 相遇於隱世的孤獨靈魂， 雪見不禁重踩油門， 朝著宵風飛馳而去。 宵風的願望只有森羅萬象才得以實現。 加入灰狼眾的壬晴所擬定的計畫，因為宵風而被迫中止， 壬晴更與對著灰狼眾的首領服部柊十郎釋放氣羅的宵風亡命天涯。 在一次又一次的戰鬥當中， 兩人的靈魂互相激盪， 臉上同時綻放出前所未有的燦爛微笑。 然而分離的時刻卻在萬天等著兩人的到來。 宵風的肉體日漸虛弱， 隱王將如何使用他的力量？

擁有禁術‧蛇藥的五大勢力之一，甲賀。 其忍者根據地，就是世間知名的明星學校阿爾亞學院。 如今阿爾亞學院的學生會召集隱世的年輕忍者， 舉辦一場「意見交流會」， 萬天與灰狼眾也在受邀名單之中，眾人各懷鬼胎，各有所圖。 帷的目的是阻止壬晴發動秘術， 雷光的目的是拯救自己所誤傷的俄雨， 阿爾亞學院的閂老師是為了實現自己的野心， 至於主動召開會議的學生會， 則是為了拯救臥病在床的學院長。 一場大戰即將展開， 甲賀的禁術書究竟會落入何人之手？

甲賀的動亂之中， 虹一被子彈貫穿了胸口， 可是他卻重新回到戰場， 將潛入甲賀的國家情報部隊「傘」的成員一一打倒。 之後帷、虹一和雷鳴共同回到萬天， 帷卻對「相澤虹一」的真實身分產生了疑慮。 另一方面，灰狼眾緊鑼密鼓地著手於將森羅萬象自壬晴體內抽離的工作。 禁術蛇藥透過壬晴落入灰狼眾之手，如今只剩下萬天的圓月輪。 服部命令一季召集新的行動小組， 試圖奪取解開森羅萬象秘密的最後關鍵，也就是帷手中的萬天禁術書。 帷是否能貫徹封印秘術的立場？ 壬晴與宵風的計畫是否能順利進行？

六壬晴已經成為灰狼眾的成員， 為了阻止他使用森羅萬象的力量， 擁有五大禁術最後禁術書圓月輪的雲平．帷．杜蘭達別無選擇， 只能藉由接觸受到森羅萬象不死詛咒的相澤虹一， 堅定自己絕不讓壬晴使用森羅萬象的決心。 於是帷帶著圓月輪消失無蹤。 另一方面，雪見和彥不再將宵風視為單純的「氣羅使」， 決心了解宵風的過去，探究逐漸消逝的生命。 「我到底在想什麼…」自我解嘲的雪見得到了一本筆記， 展開了揭開宵風存在之秘密的行動。