沈元的批註是以商務印書館出版的王先謙《漢書補注》為底本，參照楊樹達的研究成果，究其同異，加以評論。有些地方沈斷為「楊是王非」，也有「王是楊非」。《漢書補注》全書共五八八一頁，竟有三○八四頁寫滿了密密麻麻的沈元的批註。 沈元的批註並非囿於王先謙和楊樹達的是非和史料。他廣徵博引，所用典籍不計其數。包括王先謙和楊樹達所不知道的敦煌遺書中的《漢書》殘卷和各地陸續發現的漢簡，他都沒有放過。看來，他讀書的方法不是一本接一本地讀，而是同時讀許多種書，以《漢書》為基本線索，廣泛涉獵古代文獻。北京圖書館的豐富藏書，為他提供了便利條件。如對《急就篇》的版本的考訂，超過了前代大學問家王國維等人，因為王國維等人未必能接觸如此眾多的版本。