本书共分为上下两部，每部分上、下两卷。第一部上卷为《理与物》，下卷为《公理与反公理》；第二部上卷为《帝国与国家》，下卷为《科学话说共同体》。全书共150万字，从宋明礼学说起，分析中国思想界与社会变迁之间的关系，并特别分析晚清直至新文化运动这一时期所形成的“科学主义”观念，指出这一观念和中国思想现代转型具有密切而复杂的关系。