為了救出阿普頓，晶與速水潛入了戒備森嚴的雲界之門。成功潛入敵陣的兩人，遭遇了待機中的因賽姆Ⅲ部隊。救援行動才剛開始就不斷出現驚險場面的兩人，幾經艱辛終於到達了囚禁阿普頓的實驗．開發部門。另一方面，在美國的顎人也展開了新行動。他奪取了要回到克諾斯的亞利桑納總部的VIP專用機，趁著巴卡斯不在總部之際，正面闖入了敵方本陣。他的目的是位於地下大壕洞的降臨者最大的遺產──「烏拉努斯聖櫃」……