為了不曾有過的大災難，透過冷凍保存方法，想留存下人類的種，而所實施的就稱之為7 SEEDS計劃。在已化為地獄的地球上甦醒過來的年輕人們，在展開搜尋存活者之旅的途中，發現了一個已成廢墟的巨大避難所。透過在那邊所找到的日記，他們知道了留在避難所的人全都死了，此時有一群謎樣的人卻悄悄出現在他們的身邊……？