高校生活三年間、友達も思い出も作らず卒業式を迎えた今村金一郎。だが同級生の女子・暁と階段から転げ落ち、気づいたら3年前の入学式の日へタイムスリップしていた! 憧れていた女団長・宇佐美と再び出逢った金一郎は、応援団に入団し宇佐美が独りで頑張る応援団の建て直しを目指す!! 再び三年前の世界に戻った金一郎は、宇佐美にアゲインのことをぶっちゃけ、彼女の悲惨な運命を変えるため行動を開始! 未来を左右する野球部対抗戦まで、あとわずか。応援団はガッチリ団結して新しい応援を作ろうとするのだが、なぜか金一郎と宇佐美の仲に尾ヒレがついて大スキャンダルに巻き込まれたり、金一郎への気持ちに気づいたレオが泣き出したり、前途多難。“アゲイン”で、世界を変えることはできるのか!?