《四库提要辨证》全书四百九十篇，其中经部六十一篇，史部一百八篇，子部二百十七篇，集部一百三篇，可以说他关注的重点，是在子、史二部，与清人的偏重经学小学有所不同。从所涉时代来看，包括了从上古到清代的各个时期，但以宋人著作为最多，达230种，接近全书的一半。凡此均可看出作者在博通中有所专擅的方面。《四库提要辨证》所涉博大精深，对近五百种书中的各种复杂难解的问题，作出了精当科学的解析。所涉如一书作者之归属、成书之始末、内容之分合、流传之完残、传本之真伪等，都有很具体的指正和发明。应该说，《四库提要》中带有明确的倾向性的偏失是很明显的，如以汉学正统之立场贬抑宋学，对西学一知半解地轻率讥评等，批评较为容易，余先生对此虽所见十分明切，但因议论可因所见不同而发挥，毋庸逐一讨论或批评，故一般较少计较。