U.C.0093年3月，随着夏亚·阿兹纳布攻击地球的计划被朗德·贝尔队阻止，新吉恩与联邦间的战火亦逐渐平息。但联邦始终未能完全统一地球圈，直至0100年，联邦军方以新吉恩残党及新奥古联军叛乱等事件为由，使SIDE3的吉恩共和国放弃自治权，而宣布已完全消灭战乱，从此将建立一个安定、和平的地球圈。 然而，联邦自身却并无多大改善，一天天持续着向官僚主义及特权主义的堕落，甚至欲制订法案，让地球变成少数特权阶级居住的场所。对了对付非法在地球居住的平民百姓，成立特殊警察“AIEN HUNTER”用武力强行驱逐或干脆实行杀戮。 在这种局面下，一位联邦军的老将军匿名为库瓦克·萨尔瓦，建立起秘密反政府组织“马法狄·纳比尤·艾林”(由苏丹、阿拉伯及古爱尔兰语合成的名字)，针对联邦高官菜开了暗杀等一系列恐怖活动。联邦军内素有声望的布莱德大校之子哈萨维·诺亚，也加入了这一组织，并担任重要职责。 U．C．0105年，马法狄在月球复合企业秘密开发最新的机动战士-εGUNDAM(CRAZY）疯狂高达，Ξ的名称是受著名的NEWTYPE战士阿姆罗·利最后使用的机体νGUNDAM的启发而得)。εGUNDAM装备了米诺夫斯基引擎，可以模拟反重力推进，头部则装备了扩大驾驶员脑波的系统PSYCHO V PROGRAM。4月20日伪装成陨石的εGUNDAM降落到地球赤道附近的海域，隐藏在众多岛屿之中马法狄的秘密基地。地球联邦军的基恩巴部队受命讨伐马法狄，为此将新开发的机动战士PENEROPE和其测试驾驶员林·埃姆送至地球。PENEROPE的机体设计思想也是根据高达系而来，亦装备了米诺夫斯基推进器，有四门机关炮以及念动制导导弹。 马法狄策划在地球联邦政府首脑会议时，暗杀所有的高官阁僚，以阻止联邦军制订不平等的移民法案。作为εGUNDAM驾驶员的哈萨维借自己是植物观察官研究生的身份与诸多阁僚搭乘特权阶级的航天飞机回地球，并让马法狄的伙伴佯攻航天飞机，然后与基恩巴雷部队新任司令柯内斯·斯雷克大佐联手击退马法狄，获取联邦军的信任。参观了基恩巴雷部队的基地及PENEROPE后，哈萨维躲过联邦的监视，与伙伴们会合取得εGUNDAM，并驾驶它击败了来犯的PENEROPE。 数星期后，地球联邦政府于香港召开首脑会议。马法锹在机场安置炸弹，却因NEW TYPE少女吉姬·安塔露茜姬的提示，令基恩巴雷部队逃过这次毁灭性的打击。其后，哈萨维代表马法狄向联邦发表宣战通告，在布下迷阵引开基恩巴雷部队注意的同时，驾驶εGUNDAM率领众人攻击会议场，造成大半的联邦阁僚死亡。柯内斯急中生智转移战场，并布置下大量的光线结界，让PENEROPE将εGUNDAM引诱到结界中，用高压电将哈萨维击昏。新的联邦政府迅速地成立，接任的阁僚们一至认为必须将逮捕的马法狄处以极刑。对联邦产生厌倦的柯内斯提出辞呈，他不想亲手处死好友哈萨维。但是，接任柯内斯太平洋地区军管区司令一职的人却是布莱德·诺亚——哈萨维的父亲15月1日毫不知情的布莱德在柯内斯将自己的儿子处刑之后，接手基恩巴雷部队。两天后，离开联邦军的柯内斯·斯雷克相吉姬·安塔露茜哑，发现联邦军发表哈萨维是马法狄的真相，而且竟然还说是由父亲布莱德·诺亚“大义灭亲”、亲手执行了死刑!愤怒的柯内斯带着吉姬飞往哈萨维的故乡日本，他决定要重建马法狄·纳比尤·艾林，为了友人赋予这个名字所隐藏的含意——“人类生活的全领域、真实、正当的预言者之王”。