初中二年級生太刀川照音，時常遭受他人欺侮，他將這些痛苦包括對父母的不滿，記載進了自己命名的「絕望筆記」中。有一天他在學校操場上發現了一塊和人的頭部一般大的石頭，並帶回了家。他相信這就是自己的「神」，稱呼它為「オイネプギプト」。隨著受欺侮的次數越來越多，他終于以自己的血向神發出獻祭，拜託神殺死欺侮自己的核心人物：「オイネプギプト大神，請殺死永雄一郎吧？」結果永很快就死了。然而，欺侮行爲並為因此停止，照音一個接一個在筆記中寫上名字並對神祈願，於是離奇死亡事件不斷。感到可疑的警察與父母對照音本人展開了調查，但是殺人仍在繼續……