主人公の浦飯幽助が交通事故死するところから始まり、さまざまな出来事を経て生き返る。そして、霊界探偵として活動する。 霊界探偵編 主人公の浦飯幽助は、車に轢かれそうになっていた子供を助けたが、死んでしまう。しかし、幽助の死は霊界にとって予想外の出来事であったため、生き返ることになった。そして、妖怪が人間界で起こす悪事を取り締まる霊界探偵として働き始める。 暗黒武術会編（戸愚呂兄弟編） 闇世界のビッグイベント「暗黒武術会」のゲストに浦飯幽助・桑原和真・蔵馬・飛影が選ばれた。彼らに拒否権は無く、生き残るためには勝つしか無い。彼らは暗黒武術会会場「首縊島」へと向う。 魔界の扉編（仙水編） 蟲寄市近辺で特殊な能力を持つ人間が出現する事件が次々と起こる。それらは魔界と人間界を繋ぐ境界トンネルが開く予兆であった。境界トンネルを完全に開き、人類抹殺を企む元霊界探偵・仙水忍。その計画を阻止するため、仙水に協力する能力者達と、幽助達は死闘を繰り広げる。 魔界編 仙水との戦闘で、妖怪の血を受け継ぐ者（魔族）である事が発覚した幽助は、先祖の雷禅のもとに向かう。雷禅の死後、幽助は魔界の王を決めるトーナメントを開催する。 それぞれの未来 魔界から帰ってきた幽助は探偵業を再開。それぞれの日常を描き、物語は終結する。