某海难救助公司接受委托，潜入房总半岛东侧的浅海区打捞一艘1500吨位的沉船，结果连沉船影子也没有见着。十天后，少年侦探贤吉在神社森林里发现一个匆忙的人影。这人让他保管一只小铁箱，箱子里藏有当年的船长遗书、保险公司的证明书和到纪伊半岛的航海图。根据遗书，方知船长隐瞒了沉船位置。其目的，是想私吞沉船里价值两亿日元的黄金。可出乎意料的是，船长因暴病而命归黄泉。为寻找和打捞这批黄金，潜水员先后在沉船附近发现铁人鱼、鱼形潜水艇和巨型螃蟹等。少年侦探们与潜水员合力，跟盗贼斗智斗勇，最终获得全胜。