人类进入宇宙殖民时代后，与强大而好战的圣约人遭遇，圣约人宣称人类亵渎了他们的信仰，对人类发动了全面战争。 很早以前，人类就在进行一个绝密军事计划——“斯巴达II”。该计划培育了数十名基因强化战士，这些超级生化士兵装备着配有人工智能的能量盔甲，战斗力之强超出想像。战争爆发后，以约翰-117为首的超级战士们被投入战场，果然所向披靡。 然而这支小小的“超人”特种部队毕竟无法挽回人类在太空战场上的惨败。在圣约人的疯狂进攻下，人类的殖民地接连沦陷了。当致远星这个重要军事要塞陷落之时，人类最优秀的舰长指挥秋之柱号巡洋舰带着约翰-117逃出生天，来到了一个陌生的星系，在这里，他们发现了一个巨大的神秘环状天体——光晕……