十月。世界各地突然發生羅馬正教徒的反科學示威遊行。這樣的反抗行動，無疑是對以學園都市為首的「科學勢力」的反彈。在世界一片混亂中，上条得知此事件的元凶是名為「C文書」的靈裝，他跟土御門元春一起前往「C文書」所在的法國觀光都市亞維農。在亞維農當地，上条跟天草式十字淒教的成員五和重逢，與她一起搜索「C文書」……但「神之右席」的左方之地，突然出現在他們面前。當科學與魔法交會時，上条當麻的故事就此開始！

魔法禁书目录BD捆绑的超电磁炮小说 「科学的超电磁砲SS」故事概要：因为九月三日起为期一周的广域社会参观，御坂美琴、白井黑子、初春饰利、佐天泪子四人正站在美国西海岸的超巨大人工岛上。因为岛屿是一个可以一直穿着泳装的主题乐园，所以本次美琴她们尽情的享受着避暑胜地的乐趣。然而在玩到正兴头时，神秘的飞行物体突然袭来……！？ 在白人美女的婀娜泳装与白井的滑稽泳装交相辉映中，御坂美琴的故事拉开帷幕──？

茵蒂克絲所屬的「英國清教」大本營‧倫敦。這個魔法之都，卻因以騎士團長為首的「騎士派」發動叛變而遭到攻陷。影響所及遍佈全英國，陷入了連市街中一般市民也被軍方拘禁的異常事態。在「騎士派」進行的「變革」漩渦中，擁有魔法師的「清教派」在各地的抵抗戰依然持續著。為了搭救茵蒂克絲，而前往福克斯通的上条當麻，終於來到叛變的主謀面前。在那裡的是「神之右席」成員後方之水。而且他兵戎相向的對象，是英國王室第二皇女凱莉莎&hellip&hellip！

追蹤牛仔褲之狼的神裂、與奇怪的賣草少女相遇的上条刀夜、強度微妙的等級5超能力者第七號、在決心殺人的少女面前出現，自稱「御坂」的男性、被打混的美容師搞到火大的白井、向初春挑戰的駭客少年、受到修長美女仰慕的砂皿緻密、熱愛血型占卜的御坂妹妹們、在某方面覺醒的雪莉、與絹旗一起看電影約會（？）的濱面…補完本篇的外傳SS系列第二彈！

由於亞維農的侵攻作戰，造成學園都市沒有了治安部隊。成為無法治地帶的此地，黑暗組織在暗中活躍。其中，有為了自己行動的人。愛好黑暗，以嗜殺為樂的人。意圖打碎他人希望的人。為了重要的人而戰的人。向上層挑戰的人。想除掉叛亂份子的人。試圖以暴力阻止失控的人。在科學支配一切的這城市裡，能存活下來的是……當「集團」的等級5超能力者一方通行，與謎樣的組織「學校」相遇，故事就此展開──！

本故事其实可以说是正本《魔法禁书目录》的外传漫画。不过，并没有小说版的支持，可以说是原创的故事。相对於已经发布了好几本小说的正传，似乎更有些看头？故事的焦点，主要集中在正传的那些配角身上，從从另外一个侧面，展示著学园都市的一切。可以说是对正传的一种补完，同时也变相的满足了一下百合控们的糟糕心理。