内容（「BOOK」データベースより） 自分の部屋に、純白のシスターがいきなり空から降ってきた。「ありえねえ…」上条当麻はつぶやくが、そのシスター姿の少女はこう言った。自分は魔術の世界から逃げてきた―と。ここは“超能力”が“一般科学”として認知された、アンチ・オカルトの学園都市。上条は『インデックス』と名乗る謎の少女の言動をいぶかしむが、二人の前に本当に“魔術師”が現れて―!期待の新人が贈る学園アクションストーリー登場!

羅馬正教「神之右席」中的一人「前方之風」侵入了學園都市。 她所操縱的謎樣魔法造成都市機能完全癱瘓， 大部分的人都遭奪去意識而倒下。 她的目標，正是上条當麻這個羅馬正教正式認定的敵人。 同一時刻。最強的超能力者一方通行，為了守護支持他的少女「最後之作」， 與科學家木原數多率領的武裝集團「獵犬部隊」發生激烈衝突。 魔法與科學，兩件慘事同時發生在學園都市……

九月三十日──季節變化終於來臨的學園都市。菁英大小姐學校．常盤台中學的等級5超能力者御坂美琴無視於周遭忙碌的氣氛，站在音樂廳前的廣場。她正在等人。但是應該接受懲罰遊戲的「那個少年」卻沒出現。美琴嘆著氣，抱著扁扁的書包跟小提琴盒一直等著那傢伙到來──當上条當麻與御坂美琴交會時，有關懲罰遊戲的學園愛情故事會就此展開!?

連續七天舉辦的「大霸星祭」。囊括營運委員吹寄制理、身穿啦啦隊制服的月詠小萌、名門大小姐學校的御坂美琴等學園都市全部師生的超大規模活動。其間，某項事物卻對這個活動造成了波紋。「使徒十字」的存在，將輕易破壞對上条而言重要人們的夢想……！於是上条當麻行動了。為了取回大家期待已久並樂在其中的「大霸星祭」。當科學與魔法交會時，故事就此展開──！

由傳說的魔法師所記述，可以召喚天使的驚異魔道書「法之書」，與熟知解讀法的修女一起遭到擄走。對於在學園都市過著懶散日常生活的上条當麻而言，這根本是風馬牛不相及之事－－原本應該如此，但卻「不幸」的因為某些原因，讓他加入了搶救作戰……而且擄人的嫌犯還是「天草式十字淒教」，也就是神裂火織擔任女教皇的宗派……！茵蒂克絲所屬的「英國清教」、這次的委託人「羅馬正教」、以及過去神裂火織曾經君臨的「天草式」。當這三個魔法組織與上条當麻交會之際，故事就此展開－－！