全世界を、陰から操る『グレムリン』。その科学と魔術の融合組織が起こした様々な『脅威』――ハワイでのテロ行為、バゲージシティでの『実験』、学園都市に眠る『不死の存在』の奪取――には、全て理由があった。 『グングニル』。 魔神オティヌスの最終目的であるその神槍製造を止めるため、『魔神になり損ねた男』オッレルスは、姿形を雷神トールと偽り、『グレムリン』の本拠地・サルガッソーへ侵入、調査を開始する。 世界崩壊のカウントダウンは、間近に迫っていた。 ところで一方の上条当麻なのだが、彼が朝自宅で目覚めたら、幼い少女にエロい少女が同じ布団に入っていた。 うーんやっぱそうだよな！　世界の危機が迫っていても上条サンはそうだよな！　な最新刊登場！

这里是令所有学园都市女学生们艳羡不已的贵族女校：常盘台中学。理所当然的，这里的学生都是“千金大小姐”。 “千金大小姐”之一的御坂美琴上完了体育课，来到浴室冲澡。这时，隔壁传来了少女的说话声。 白井黑子，身为维护学园都市治安的“风纪委员”，同时也是拥有空间移动能力的等级4大能力少女。她邀请美琴放学后一同逛街购物。 ——就这样，黑子漫长的一日开始了。在这漫长的一日中，黑子轻轻揭开了姐姐大人御坂美琴的神秘面纱…… 当“姐姐大人”与“那位先生”交会之际，白井黑子的故事就此展开?!

魔道书《法之书》，与熟知解读法的修女一起被掳走了。对于在学园都市过着懒散日常生活的上条当麻而言，这根本是风马牛不相及之事——原本应该是如此，但却“不幸”地因为某些原因，让他加入了救援作战……

那是上条当麻的学校里出现“神秘转学生”的日子；是茵蒂克丝首次交到“朋友”的日子；是御坂美琴与茵蒂克丝两人首度面对面的日子；是夹在她们两人之间的上条当麻依旧不幸的日子；是旁观事态发展的白井黑子嫉妒上条的日子……然后，也是某个魔法师向学园都市发起袭击的日子！

羅馬正教暗部「神之右席」最後一名成員右方之火所引發的第三次世界大戰，由於上条當麻的活躍，而終結了這場戰爭。然而他卻隨著戰爭的終結而消失。這裡是沒有上条當麻的世界。魔法陣營重新整編、改善，安寧的日子終於又再度降臨信徒身邊。而離開黑暗的這群「畢業生」，終於獲得了平穩的生活&hellip直到兇狠的「新生」出現在他們面前為止！

羅馬正教的暗部「神之右席」最後一人，右方之火。他策劃的「計畫」終於啟動了。第三次世界大戰下的俄羅斯上空，飄浮著一座巨大要塞「伯利恆之星」。不僅是十字教信徒，被稱為全世界人類「救贖」的那座要塞，卻代表將會引起人類史上前所未有的大災難。右方之火稱之為「淨化」的謀略正在蠢蠢欲動，三名少年則懷抱著各自的信念繼續戰鬥。濱面仕上在瀧壺理后的治療結束後，為了防範克里姆林報告於未然而採取行動，但卻遇見了宿敵麥野沉利。一方通行好不容易擊退大天使米夏，終於發現了解救最後之作的「某種解法」。但那卻是種禁忌的做法。另一方面，上条當麻了阻止「伯利恆之星」計畫，同時也為了解放茵蒂克絲，決定獨自向右方之火挑戰……！