佣兵出身的武官三四郎和美貌文官凯伊，同在行星探测太空船上工作。个性南辕北辙的两人时有龃龉，但历经各种事件波折，两颗心却愈发靠近。然而现在，两人的心却平静不下来。上次事件导致必须补齐人员，众多候选人因此搭上太空船。这让讨厌突发事件的凯伊，以及讨厌麻烦的三四郎烦躁不已。火上加油的是，一名意想不到的人物竟出现在他们面前--！

为了补足缺员，行星探测船登上了众多科学家。不习惯船上生活的科学家们累积了相当的压力，开始互相争执。而三四郎也不再触碰凯伊，甚至刻意疏远；不明所以的凯伊于是陷入自责烦恼。对凯伊有意的近卫凯，以及对三四郎怀抱淡淡思慕之情的艾沙，逐渐介入擦肩而过的两人之间。此外，船上更爆发危急情况--？！

船上的骚动总算平息。进行事后处置检查时，凯伊却因突发意外而昏厥。在机组员们连日照顾下，凯伊终于苏醒，但记忆却退回到十三岁时的“伊西斯”，不再是平常那个禁欲固执的凯伊，而是个天真浪漫的享乐主义者，这让众人陷入一团乱。而三四郎的心意，也在“凯伊”与“伊西斯”两种悬殊性格间游移烦恼。最后他做了某个选择......

七瀬瑞貴と箕輪夏彦、川端悠也と林明たちが巻き込まれたのは密室殺人未遂事件だった。事件を推理する3人に対し、それまで黙っていた夏彦が強固に反対をする。夏彦の気持ちが判らない瑞貴。そんな中、高梨涼也と夏彦との間に流れる、甘くて微熱を帯びた空気に、瑞貴は苦しいくらいの切なさを感じて初めて恋を自覚して…。縺れた心と事件の行方は！?

「あんた、誰？」再会した幼馴染の箕輪夏彦は七瀬瑞貴のことを覚えていなかった。それ以来夏彦を避けていた瑞貴だったが、ひょんなことから一緒に旅行をするハメに…。旅館に到着した4人は、そこで美青年涼也と出会う。心近づけていく涼也と夏彦に苛立ちを抑え切れない瑞貴。そんな時、旅館で密室殺人が起きて…！

逃れられない状況に追い込まれ、バサラとグイドに協力することになった三四郎とカイは、司令官奪還作戦に参加することになった。しかし、三四郎はカイが自分に同行することを強固に反対する。納得のいかないカイは三四郎の反対を強引に押し切った。準備が整えられる中、彼らは以前出会ったサーシャの変貌に驚く。何が彼を変えたのか!?そして、三四郎が危惧するカイの致命的な欠陥とは!?『青の軌跡』シリーズ第11弾。