武藏與傳七郎對決的日子迫在眉睫， 武藏卻在蓮台寺郊外巧遇清十郎，雙方打了起來， 這場對抗的結果是...？ 而對抗的結果，又會帶給武藏與傳七郎什麼影響？ 此外，又八碰到了本尊小次郎， 冒名小次郎的又八又會...？

睽違一年，武藏和傳七郎終於要展開對峙，小次郎也來到了京都。傳七郎一心一意要超越哥哥清十郎，卻發現和清十郎練習才能使自己進步。清十郎為了除去武藏，夜半偷襲武藏。交手後卻越來越想了解這一年來武藏的改變......

小次郎和定伊對抗，定伊死在小次郎的刀下。巨雲憤怒，打算為定伊報仇。沒想到市三卻挺身而出和小次郎對抗，一點也不畏懼死亡，然而他卻步上定伊的後塵…… 和巨雲對抗的小次郎，感受到揮劍的樂趣，兩人在互砍之中，用心靈和身體切磋劍術。面對為了劍而誕生的小次郎，巨雲的命運又將會…？

為了獎金，被戰爭奪走村落與家人的村民，追捕著戰敗的武士。小次郎等人也被誤認為是戰敗的武士，遭到村人的追殺。在關原之戰存活下來的巨雲一行人，為了前往大阪與主公會面，遍體鱗傷卻也努力前進。 路上，他們遇見了小次郎。定伊發現小次郎異於常人，便決定單獨留下來和他談話...

打著「天下無雙劍?巖流佐佐木小次郎」名號的小次郎，遇上打著「兵法天下一?夢想權之助」的權之助。權之助看小次郎長相秀氣，原本不屑一顧，一比畫才知道自己和小次郎的實力相差許多。於是他便追隨小次郎一行人，來到了關原。 當他們趕到的時候，關原之戰已經結束了，遍地滿是屍體。在那裡他們遇見了新免武藏，和遲來的軍隊互砍了起來......

經過一番廝殺之後，小次郎終於戰勝了傳七郎，交戰的過程之中，小次郎也從男孩轉變成男人。鐘卷自齋內心知道，小次郎單飛的時候到了，於是便將小次郎交給了彌五郎，而兩人也因此展開了新的旅程…