宗一郎、光臣、真夜、圓一行人，終於踏進宗魄的宅邸「寵目聖域」。阻擋他們去路的，是「真魔人」炬鐵人。這場毫無勝算的戰役，真夜自願挺身迎戰。另一方面，為了尋求真實，並且延續未來，亞夜用龍眼的力量探訪過去，看見為了赤羽的未來而犧牲自己的真貴子。過去、現在、未來……戰鬥隨著時代而變遷，只有深信這條路將會邁向光明的未來！

時間靜靜地流逝。 在安穩的日常生活中， 各自的糾葛漸漸扭曲成形。 鮑伯陷入迷惘，不知該何去何從、 亞夜與雅孝因為無法傳達的心意而感到痛苦、 真夜做好覺悟，回到了學園、 宗一郎被幽禁後，漸漸化為黑龍。 為什麼要戰鬥？為什麼想要變強？ 為什麼自己會在這裡…… 為了找尋答案，現在就要展開行動！

AT界頂級決戰的鱗之門錦標賽（GST）終於開幕！原本失去參賽資格的「小烏丸」只要在網路虛擬對戰中戰勝「無機網路」，就能取代該隊參賽。但是，「無機網路」的真面目竟然是過去由武內空所率領，解散前的「舊沉睡森林」的檔案資料。

兩大暴風族「創世神」與「沉睡森林」，纏繞於特羅派昂之塔、八王與八玉璽的戰鬥。阿樹以「風之王」的身分覺醒，經歷他與「荊之王」林檎之戰，他對自己戰鬥的理由產生了懷疑而離家。在樞的邀請下，阿樹造訪「Tool Tool To」。卷貝告訴他，「風之玉璽」的BAGRAM跟著函一起消失了…

圓圓闖入了學園。 「F」之一的她，拔出凶刃揮舞著。 鮑伯陷入苦戰，雅孝火速前往支援， 然而「F」的包圍網卻是層層遍佈！ ──鮑伯負傷，亞夜被囚禁， 柔劍部的成員，迫不得已四散各地…… 背負著不得不守護的事物，瞄準不得不擊潰的敵人， 雅孝真正的實力受到考驗。 其緊握的拳頭，能夠化解危機嗎？

特異能力之戰，震撼了厭魅的聖地， 赤羽共振的力量，引導宗一郎覺醒成魔…… ──戰鬥結束後， 只有亞夜和暮井回到學園。 真夜得知宗一郎被帶走，便往九州出發。 為了追求反抗命運的方法，柔劍部一行人挺身而出。 而在目的地等待他們的會是光明還是黑暗呢……？