阿普頓在東京遭遇了被巴卡斯博士大幅強化的傑庫托爾，陷入苦戰的阿普頓面前，卻突然出現了卡巴Ⅲ及「蛹」！從蛹中破繭而出的，是大家朝思暮想的晶…

在遺跡基地慘敗於阿卡菲爾手下之後不久，地球落入了克諾斯的手中。原以為必死無疑的晶一行人卻奇蹟似地還活著，躲藏在克諾斯的眼皮下生活著。顎人化身為地下組織的領袖領導著對抗克諾斯的行動，但晶卻化成了奇妙的「蛹」，依然處於生死不明的狀態…

卡巴Ⅰ成為了遺跡宇宙船的大腦，為了使遺跡基地崩壞而開始上升，而在其上，村上與吉歐展開宿命的對決！然而在激鬥後落敗的村上成為吉歐的人質，使得卡巴不得不現身，面對吉歐的神秘道具──單元．利姆巴。而此時，遺跡宇宙船也面臨其他獸神將的總攻擊…

根據小田桐主任的指示而侵入遺跡內部的晶與卷島，在遺跡的主控室內，晶與遺跡的生體電腦連結而啟動了遺跡宇宙船，成為了遺跡的中樞腦。另一方面，阿卡菲爾與被逼上絕路的吉歐開戰，而阿普頓則趁機潛入遺跡基地捕食超獸化兵剩下的幾人，遺跡基地內的情況開始失控！

少年深町晶在某個巧合之下接觸到神秘的「單元‧Ｇ」，意外成為了遠古時期外星人所留下的強殖裝甲「卡巴」的殖裝者，但是這一切卻是一連串悲劇和戰鬥的開始!?外星人的遺產「強殖裝甲－－卡巴」與想奪回強殖裝甲的神秘組織「克諾斯」之間的悲壯戰鬥！

速水用自己的生命讓卡巴Ⅰ爭取到獲勝的機會。而藉著速水的肉體，阿普頓終於真正復活，晶繼承了速水的遺志，讓他再度下定決心並且獲得與鬥志。另一方面，遭受挫折的獸神將卡布拉爾惱羞成怒，藉著增幅後的思念波，聚集並且融合同化了無數獸化兵，讓他變成奇異的最強戰鬥姿態──「巨獸神」，對卡巴Ⅰ與阿普頓展開了攻擊。面對巨大無比的對手，晶終於要解放巨人殖裝真正的力量……