晶跟速水潛入雲界之門後，終於在97樓‧等級４實驗室發現被石化的阿普頓。但是因為裝置暴走的緣故，阿普頓的肉體在晶眼前被炸成碎片。不過阿普頓的肉片在融合捕食了隱形獸化兵後再度復活。晶跟速水高興的走近，但阿普頓卻突然攻擊他們。原來阿普頓的精神已受到獸神將卡布拉爾支配。阿普頓融合吸收急忙趕來的獸化兵，漸漸變成可怕的「惡魔阿普頓」。晶跟速水深入敵陣，面臨最大的危機。另一方面，在亞利桑納地下大空洞與巴卡斯等三神將對峙的顎人，雖然對覆蓋整個空洞的獸神將瓦夫達諾斯的「臣毛」感到棘手，但他還是展開反擊……

為了救出阿普頓，晶與速水潛入了戒備森嚴的雲界之門。成功潛入敵陣的兩人，遭遇了待機中的因賽姆Ⅲ部隊。救援行動才剛開始就不斷出現驚險場面的兩人，幾經艱辛終於到達了囚禁阿普頓的實驗．開發部門。另一方面，在美國的顎人也展開了新行動。他奪取了要回到克諾斯的亞利桑納總部的VIP專用機，趁著巴卡斯不在總部之際，正面闖入了敵方本陣。他的目的是位於地下大壕洞的降臨者最大的遺產──「烏拉努斯聖櫃」……

因黑色巨人殖裝的攻擊而陷入生死危機的獸神將村上，因阿卡菲爾的搭救而在西拉島的神殿中進行急救。就在治療的昏睡期間，他看見了阿卡菲爾的夢境，那是關於阿卡菲爾誕生之過程，以及關於降臨者之謎團的答案…

因自己的軟弱而敗給獸神將村上的晶，將巨人殖裝的控制權交給了顎人，卡巴Ⅲ成為黑色巨人殖裝。顎人以壓倒性的力量打敗了村上，並擊破了他的水晶體。但就在此時，反抗組織宙斯之雷位於美國的根據地也受到克諾斯傾盡全力的攻擊…

生死不明之最底層研究員中的一人，速水，在阿普頓的帶領下來到晶一行人的住處。他為了使克諾斯所植入的病毒無效化，以自己的意志成為了損種實驗體而存活了下來。然而就在此時，獸神將伊卡拉姆率領因賽姆Ⅲ部隊襲擊而來，卡巴一行人因此陷入生死存亡的苦戰之中…

在巨人殖裝的面前，出現了熟悉的身影！然而那卻是已經成為第十三位獸神將的村上！在昔日戰友無情的攻擊下，卡巴陷入大危機！